Shakira Isabel Mebarak Ripoll được sinh vào ngày 2 tháng 2 năm 1977 tại Barranquilla, Colombia. Cô là con một của William Mebarak Chadid và Nidia Ripoll Torrado. Ông bà nội của cô di cư từ Liban đến Thành phố New York, nơi cha cô được sinh ra. Cha cô sau đó đã di cư sang Colombia lúc ông 5 tuổi. Cái tên Shakira có nguồn gốc từ tiếng Ả Rập (شَاكِرَة, šākirah), theo đó nó có nghĩa là "biết ơn". Nó là dạng dành cho nữ của cái tên Shakir (شَاكِر, šākir). Cô có tổ tiên là người Tây Ban Nha (Catalunya và Castilla) và Ý. Cô lớn lên trong Giáo hội Công giáo Rôma và theo học trường Giáo hội. Cô có tám người anh chị em cùng cha khác mẹ từ cuộc hôn nhân trước kia của cha cô. Shakira dành phần lớn tuổi trẻ của mình ở Barranquilla, một thành phố nằm trong vùng biển Caribe ở phía bắc của Colombia, và viết ra bài thơ đầu tay, có tựa đề "La Rosa De Cristal/Bông Hồng Pha Lê", khi cô chỉ mới bốn tuổi. Khi cô lớn lên, cô bị mê hoặc khi nhìn cha cô viết truyện bằng một máy đánh chữ, và hỏi xin cha một cái cho ngày lễ Giáng sinh. Cô có một chiếc khi cô 7 tuổi, và tiếp tục sáng tác thơ sau đó. Những bài thơ đó cuối cùng đã được chuyển thể thành bài hát. Khi Shakira 2 tuổi, một người anh trai cùng cha khác mẹ của cô qua đời sau một tai nạn xe máy; sáu năm sau, khi lên 8 tuổi, Shakira viết ra bài hát đầu tiên của cô, có tựa đề "Tus gafas oscuras/Đôi kính đen của anh", được truyền cảm hứng từ cha cô, người đã nhiều năm đeo cặp kính đen để che giấu đi nỗi đau của mình.

Khi Shakira 4 tuổi, cha cô dẫn cô đến một nhà hàng địa phương ở Trung Đông, nơi mà Shakira lần đầu tiên nghe được âm thanh của chiếc trống Goblet, một loại trống truyền thống đựoc sử dụng trong nhạc Ả Rập và thường đi cùng với múa bụng. Cô bắt đầu nhảy múa cho mọi người xem và bình luận, và chính kinh nghiệm trên đã làm cô nhận ra rằng cô muốn trở thành một nghệ sĩ biểu diễn. Cô thích thú việc hát hò cho bạn cùng lớp và giáo viên (thậm chí cả các nữ tu) ở ngôi trường Giám hội cô đang theo học, nhưng khi lên lớp hai, cô lại bị loại khỏi dàn hợp xướng của trường vì lý do vibrato của cô quá mạnh mẽ. Giáo viên âm nhạc của cô nói với cô rằng cô hát giống như "một con dê". Ở trường, cô thường bị đuổi ra khỏi lớp vì chứng rối loạn tăng động giảm chú ý (ADHD) của cô. Cô nói rằng cô từng được biết đến là "cô gái múa bụng", và cô sẽ thể hiện một số bài học cô đã học được vào mỗi ngày thứ sáu ở trường. "Đó là cách tôi khám phá ra được niềm đam mê của tôi với nghệ thuật biểu diễn trực tiếp", cô nói. Để thấm nhuần lòng biết ơn của Shakira trong việc nuôi dạy cô, cha cô đã đưa cô đến một công viên địa phương, nơi mà trẻ em mồ côi sinh sống. Những hình ảnh ấy đã nằm sâu trong tâm trí cô, và cô tự nhủ: "Một ngày nào đó, mình sẽ giúp đỡ những đứa trẻ này khi mình trở thành một nghệ sĩ nổi tiếng."

Trong những năm từ 10 đến 13 tuổi, Shakira được mời đến dự nhiều sự kiện lớn tại Barranquilla và giành được nhiều cảm tình từ người dân nơi đây. Cũng trong thời gian này, cô đã gặp nhà sản xuất của một nhà hát địa phương Monica Ariza, người rất ấn tượng với cô và giúp đỡ cô trong những ngày đầu lập nghiệp. Trong chuyến bay từ Barranquilla tới Bogotá, Ariza đã thuyết phục giám đốc người Colombia Ciro Vargas của tập đoàn Sony cho Shakira một cơ hội thử giọng tại tiền sảnh của một khách sạn. Vargas đã giúp nâng đỡ Shakira rất nhiều, và quay trở lại văn phòng của Sony, đưa cuốn băng cassette cho một đạo diễn bài hát và âm nhạc. Tuy nhiên, đạo diễn đã tỏ ra không mấy phấn khởi và nghĩ rằng Shakira là một cái gì đó của "một nguyên nhân gây thất lạc". Không nản chí và vẫn tin rằng Shakira có tài năng, Vargas đã sắp xếp một buổi thử giọng ở Bogotá. Ông sắp xếp cho các giám đốc điều hành của Sony Colombia đến tham dự, với ý tưởng làm họ ngạc nhiên với màn trình diễn của Shakira. Cô đã biểu diễn ba bài hát cho các giám đốc điều hành và gây ấn tượng với họ đủ đến mức cô ký được ba hợp đồng để thu âm ba album.